"Die Geschichte der Kirche beginnt vor 815, der urkundlichen Ersterwähnung Fröttmanings. Eine Schenkungsurkunde im Zusammenhang mit der Kirche aus dem Jahr 815 ist die älteste Urkunde im Bayerischen Staatsarchiv. Der Fröttmaninger Adelige Situli schenkte damals eine hölzerne Kirche samt zugehörigem Ackerland dem Freisinger Bistum, diese wurde von Bischof Hitto von Freising daraufhin geweiht. Der heutige spätromanische Bau mit seinen dicken Mauern entstand zum größten Teil zu Anfang des 13. Jahrhunderts und wurde später ergänzt. Seit dem Abbruch der Jakobskirche 1955 gibt es in der Münchner Innenstadt keine romanischen Bauwerke mehr, auch daher ist die Heilig-Kreuz-Kirche vor anderen ehemaligen Dorfkirchen ein wichtiges Zeugnis der romanischen Architektur in der Stadt. Weiter ist Heilig Kreuz der älteste vollständig erhaltene Kirchenbau im Münchner Stadtgebiet.
In den 1930er Jahren wurde Heilig Kreuz Filialkirche von St. Albert München-Freimann.
Mehrmals war die Kirche von Abbruch bedroht. Beim Bau des Münchner Autobahnringes erreichten dann einsatzbereite Bürger unter Leitung des Kirchenpflegers von St. Albert, Ludwig Maile, die Verschiebung des Autobahnkreuzes München-Nord, dessen Abzweigung Richtung Salzburg den ursprünglichen Planungen zufolge genau über Friedhof und Kirche verlaufen wäre. Seit dem Abbruch der letzten Höfe für den Autobahnbau 1969 steht Heilig Kreuz frei. Bis 1971 verwahrloste die Kirche und wurde ausgeplündert und geschändet. Wertvolle Kunstwerke und die beiden Glocken aus dem 15. Jahrhundert gingen verloren. 1984 wurden Pläne konkret, die den Müllberg bis zur Kirchenmauer erweitern wollten. Nach Bürgerprotesten wurde jedoch dieser Plan zurückgenommen. Später setzte sich die Bürgerinitiative ein drittes Mal für die Kirche ein, diesmal für die Berücksichtigung des kirchlichen Baudenkmals im Bebauungsplan der nahe gelegenen Allianz Arena. Die Rettungsstraße samt ihrer Brücke musste zweihundert Meter nach Süden verlegt werden.
Die Heilig-Kreuz-Kirche ist eine der für das Bistum Freising damals typischen Chorturmkirchen. Der romanische Turm mit Rundbogenfenstern und Fries ist achtzehn Meter hoch, die Kirche selbst ist fünfzehn Meter lang und fast sieben Meter breit. Der mit Schießscharten versehene einstige Wehrgang ist im Maueransatz im Inneren noch zu erkennen.
Besonders selten und einzigartig in Deutschland sind die direkt auf die roten Ziegel des Innenraumes mit Kalkfarbe gemalten romanischen Fresken, die 1981 bei Renovierungsarbeiten entdeckt und teilweise freigelegt wurden. Die gemalten Kreise um einen Lebensbaum symbolisieren die Sonne. Bei einer der Wandmalereien handelt es sich um die älteste Christus-Darstellung in Bayern. Die übrige Ausstattung der Kirche stammt vorwiegend aus der Barockzeit. Das von Asamschülern um 1740 gemalte Deckenfresko zeigt die Verehrung des Heiligen Kreuzes, das Kaiser Herakleios 629 aus Jerusalem zurückbrachte.
Als Kunst am Bau für die Allianz Arena lobte die städtische „Kommission für Kunst am Bau und im öffentlichen Raum“ einen internationalen Wettbewerb aus; dabei wurde der Fröttmaninger Berg in den Wettbewerbsbereich einbezogen. Am 29. Juni 2004 empfahl die Kommission einstimmig den Vorschlag des Münsteraner Künstlers Timm Ulrichs zur Realisierung.
Das Verschwinden von Fröttmaning steht dabei als Thema im Mittelpunkt. Etwa 150 Meter südlich von Heilig Kreuz wurde 2006 ein nicht begehbarer Doppelgänger der romanischen Kirche in Originalgröße aus bemalten Betonfertigteilen geschaffen. Das surreal-melancholische Kunstwerk „Versunkenes Dorf“ am Fuße des Fröttmaninger Bergs thematisiert als eine Art Verlustanzeige das Verschwundene an diesem Ort. Die Kopie wurde so eingerichtet, dass das Bauwerk vom Berg halb verschüttet zu sein scheint." (
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The history of the church begins before 815, when Fröttmaning was first mentioned in a document. A deed of donation related to the church from the year 815 is the oldest document in the Bavarian State Archives. The Fröttmaning nobleman Situli donated a wooden church and associated farmland to the Freising diocese, which was then consecrated by Bishop Hitto of Freising. The current late Romanesque building with its thick walls was largely built at the beginning of the 13th century and was added to later. Since the demolition of St. James' Church in 1955, there have been no Romanesque buildings in Munich's city center, which is another reason why the Holy Cross Church is an important example of Romanesque architecture in the city, compared to other former village churches. Holy Cross is also the oldest completely preserved church building in the Munich city area.
In the 1930s, Holy Cross became a branch church of St. Albert Munich-Freimann.
The church was threatened with demolition several times. During the construction of the Munich motorway ring, citizens willing to take action, led by the church warden of St. Albert, Ludwig Maile, managed to move the Munich-North motorway junction, whose branch towards Salzburg would have run directly over the cemetery and church according to the original plans. Since the last farms were demolished for the motorway construction in 1969, Holy Cross has stood free. By 1971, the church had fallen into disrepair and was plundered and desecrated. Valuable works of art and the two bells from the 15th century were lost. In 1984, plans were put in place to extend the mountain of rubbish up to the church wall. However, after protests from citizens, this plan was withdrawn. Later, the citizens' initiative campaigned for the church a third time, this time for the church monument to be included in the development plan for the nearby Allianz Arena. The emergency road and its bridge had to be moved two hundred meters to the south.
The Holy Cross Church is one of the choir tower churches typical of the diocese of Freising at the time. The Romanesque tower with round-arch windows and frieze is eighteen meters high, the church itself is fifteen meters long and almost seven meters wide. The former battlement with loopholes can still be seen in the wall inside.
Particularly rare and unique in Germany are the Romanesque frescoes painted with lime paint directly on the red bricks of the interior, which were discovered and partially uncovered during renovation work in 1981. The painted circles around a tree of life symbolize the sun. One of the wall paintings is the oldest depiction of Christ in Bavaria. The rest of the church's furnishings are mainly from the Baroque period. The ceiling fresco, painted by Asam students around 1740, shows the veneration of the Holy Cross, which Emperor Heraclius brought back from Jerusalem in 629.
The city's "Commission for Art in Architecture and in Public Spaces" announced an international competition for art in architecture for the Allianz Arena; the Fröttmaninger Berg was included in the competition area. On June 29, 2004, the commission unanimously recommended the proposal by the Münster artist Timm Ulrichs for implementation.
The disappearance of Fröttmaning is the central theme. In 2006, about 150 meters south of Heilig Kreuz, an inaccessible duplicate of the Romanesque church in its original size was created from painted prefabricated concrete parts. The surreal, melancholic work of art "Sunken Village" at the foot of the Fröttmaninger Berg addresses what has disappeared from this place as a kind of notice of loss. The copy was set up in such a way that the building appears to be half buried by the mountain.