El convento de la Merced fue levantado por orden de Alonso Pérez de Guzmán, VII duque de Medina Sidonia y señor de Huelva en esta época. La iglesia, actual catedral de Huelva, servía de capilla para los cultos del convento de los Mercedarios Descalzos, y fue fundado en 1605. El lugar, desde el siglo xvi, estaba ocupado por una construcción de culto anterior, impulsada por el cabildo y los condes de Niebla y marquesado de Gibraleón, como impulsores mecenas para promover el auxilio y piedad del santo en torno a las constantes epidemias sufridas en la villa. Se crean tres santos protectores en la periferia del núcleo poblacional: La ermita de San Blas (Patrón de la garganta), en las inmediaciones de la carretera de Sevilla, (actualmente desaparecida), la de San Sebastián, Patrón de Huelva que perdura su veneración, aunque su primigenio templo no se conserva. Estaba situado en torno al cementerio antiguo (final de la calle San Sebastián), siendo desfiladero de entrada a la ciudad, y la desaparecida ermita de San Roque, copatrón de la villa de Huelva, dispuesto en el camino de Gibraleón y por la que se crea este cenobio de los Mercedarios descalzos integrando el edificio en la nueva construcción). La iglesia de La Merced con su aspecto actual es fruto de obras a lo largo de tres siglos por lo que la fachada primigenia presumiblemente tendría otra fisonomía. El conjunto, iniciado de inspiración renacentista y continuado siguiendo los modelos del Barroco, tiene un cierto sabor colonial, sin perder su esencia conventual. La autoría original no está aún determinada y puede ser atribuida a uno de los siguientes arquitectos: Alonso de Vandelvira, maestro mayor de obras de El Condado, Fray Juan de Santa María o el maestro mayor Martín Rodríguez de Castro. Se inicia su construcción en 1605 con dirección del maestro albañil Pedro Gómez Utebami y las obras más importantes finalizaron entre 1612 y 1615.
La estructura original duró apenas un siglo, debido a que la ruina amenazaba el conjunto ya en 1714 y el terremoto de Lisboa de 1755 resintió la edificación de manera grave, dejando destruida la capilla de San Cayetano. A pesar de ello, el siguiente seísmo en 1765 fue el que terminó de afectar gravemente a la Iglesia y Convento de La Merced, siendo necesaria una reforma integral. A finales del siglo xviii, bajo proyecto de Pedro de Silva, ya en puro estilo barroco, se erigió el nuevo templo, encargándose de las obras Ambrosio de Figueroa y a su muerte en 1775, las continúa Francisco Díaz Pinto. Esta reforma que conformaría el aspecto actual de la Iglesia de la Merced duró hasta bien entrado el siglo xix.
The convent of La Merced was built by order of Alonso Pérez de Guzmán, VII Duke of Medina Sidonia and Lord of Huelva at this time. The church, now Huelva's cathedral, served as a chapel for the religious services of the Convent of the Discalced Mercedarians, and was founded in 1605. The place, since the 16th century, was occupied by a previous religious building, promoted by the council and the counts of Niebla and marquesado de Gibraleón, as patron promoters to promote the help and mercy of the saint around the constant epidemics suffered in the town. Three protective saints are created on the periphery of the population center: The hermitage of San Blas (Patron of the throat), in the vicinity of the Seville highway, (currently disappeared), that of San Sebastián, Patron of Huelva whose veneration endures , although its original temple is not preserved. It was located around the old cemetery (end of San Sebastián street), being the entrance gorge to the city, and the disappeared hermitage of San Roque, co-patron of the town of Huelva, located on the Gibraleón road and through which creates this monastery of the barefoot Mercedarians integrating the building into the new construction). The church of La Merced with its current appearance is the result of works carried out over three centuries, so the original façade would presumably have another physiognomy. The set, started with Renaissance inspiration and continued following the Baroque models, has a certain colonial flavor, without losing its conventual essence. The original authorship has not yet been determined and can be attributed to one of the following architects: Alonso de Vandelvira, master builder of El Condado, Fray Juan de Santa María or the master master Martín Rodríguez de Castro. Its construction began in 1605 under the direction of the master mason Pedro Gómez Utebami and the most important works were completed between 1612 and 1615.
The original structure lasted barely a century, because ruin was already threatening the complex in 1714 and the Lisbon earthquake of 1755 seriously affected the building, leaving the chapel of San Cayetano destroyed. Despite this, the following earthquake in 1765 was the one that ended up seriously affecting the Church and Convent of La Merced, requiring a comprehensive reform. At the end of the 18th century, under a project by Pedro de Silva, already in pure Baroque style, the new temple was erected, with Ambrosio de Figueroa in charge of the works and on his death in 1775, Francisco Díaz Pinto continued them. This reform, which would shape the current appearance of the Church of La Merced, lasted until well into the 19th century.
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