Une première chapelle fut d'abord construite entre 1671 et 1679. Elle est placée sous la patronage de Saint Hyacinthe, dominicain polonais (1185-1257) qui marcha sur les eaux du Dniepr. Tombée en ruine, un second édifice est bâti sur un autre emplacement en 1743 et est alors considéré comme l'église la plus riche de l'île. La population construit un clocher à l'église en 1835 et des travaux de charpente ont lieu en 1851.
De grosses réparations ont lieu en 1858, puis l'église, les cloches et le cimetière sont bénis le 24 janvier 1860 par Mgr Porchez. Le clocher est reconstruit en 1881 et rompt avec l'homogénéité de la façade, en marquant par sa taille réduite et l'utilisation du bois un souci d'adaptation aux conditions climatiques locales. La toiture de l'édifice et le clocher sont détruits par le cyclone du 18 août 1891, puis réparés.
En 1931, la foudre tombe sur le clocher qui est réparé l'année suivante avec une couverture en fibrociment et la pose d'un paratonnerre. Le tremblement de terre de 1946 lézarde le bâtiment dont le clocher penche dangereusement. Le clocher, la flèche et la toiture sont rénovés jusqu'en 1949 et d'importantes réparations sur l'ensemble de l'édifice sont entreprises en 1953.
L'édifice, y compris son parvis, sont protégés au titre des monuments historiques (arrêté d'inscription en date du 16 mars 19952). Il bénéficie alors d'un important programme de réhabilitation, conduit par Etienne Poncelet, Architecte en Chef des Monuments historiques, dont les travaux débutent en 2003. L’église Saint-Hyacinthe rouvre ses portes aux fidèles le dimanche 23 décembre 2012 lors d'une cérémonie de consécration par Mgr Michel Méranville..
