El convento fue fundado, según bula papal de Inocencio IV, por los años 1246-1247, teniendo como promotor al obispo palentino Tello Téllez de Meneses, que gobernó la diócesis entre 1208 y 1247. Hacia 1265 los franciscanos conventuales tomaron posesión del edificio. En 1496 los llamados franciscanos claustrales relevaron a sus hermanos conventuales. Dos incendios en 1580 y 1659 destruyeron los archivos, que lo fueron de la ciudad, su biblioteca y gran parte de los edificios originales, que fueron reconstruidos en 1664. En 1620 se adosó a la iglesia la capilla de Nuestra Señora de la Soledad, donde venera esta advocación mariana y tiene su sede la Cofradía homónima.
San Francisco experimentó importantes reformas y ampliaciones hasta el siglo XVIII. En su momento de máxima extensión, el vasto recinto conventual, que llegó a incluir cuatro grandes claustros, llegaba hasta la actual plaza de Abilio Calderón, el Teatro Principal y el también franciscano Monasterio de Santa Clara, es decir, abarcaba varias manzanas de casas hacia el sur y el oeste, sobre el polígono que hoy delimitan la calle Joaquín Costa, la calle Burgos y la avenida Casado de Alisal.
Tuvo también, hasta su extinción, una fábrica de sayal que abastecía de hábitos a los demás conventos de la Orden. Su importancia histórica en la Baja Edad Media queda atestiguada por las veces en que fue sede de las Cortes Generales de Castilla (en 1286 y 1313), y residencia circunstancial de monarcas y dignatarios eclesiásticos que se encontraban de paso en Palencia. En 1388 fue sede también de un concilio nacional presidido por el cardenal Pedro Martínez de Luna, el luego antipapa Benedicto XIII. Varios personajes de la nobleza castellana dispusieron ser enterrados aquí.
Durante la Guerra de la Independencia Española sirvió de cuartel para las tropas francesas y sufrió importantes destrozos. Tras las leyes desamortizadoras de 1835-1836 y la exclaustración de los monjes, las dependencias sirvieron durante décadas para todo tipo de usos administrativos y militares, situación que agravó el deterioro del viejo conjunto conventual. En 1878 la Compañía de Jesús, regresada a Palencia -donde había regentado un Seminario menor y su propia iglesia, la de Nuestra Señora de la Calle- luego de su expulsión en el siglo XVIII, recibió del obispado el permiso para administrar la iglesia, usufructo que adquirió condición perpetua en 1915. En el siglo XX el cuerpo principal del convento, asomado a la plazuela de la Sal, fue derribado para construir en él la Delegación Provincial de Hacienda. Esta desaparición redujo las dependencias supervivientes a la iglesia y un claustro de dos pisos de arquerías, barroco del siglo XVII, con columnas de orden jónico, cuya restauración concluyó en 2016. ?Los jesuitas abandonaron Palencia el 16 de junio de 2018, quedando la iglesia de san Francisco administrada por la diócesis palentina a partir de ese momento. ?La iglesia de san Francisco es también sede de la Cofradía Penitencial de Nuestro Padre Jesús Crucificado y Nuestra Madre Dolorosa, fundada en 1949.
The convent was founded, according to the papal bull of Innocent IV, in the years 1246-1247, having as promoter the Palencia bishop Tello Téllez de Meneses, who governed the diocese between 1208 and 1247. Around 1265 the conventual Franciscans took possession of the building. In 1496 the so-called cloistered Franciscans took over from their conventual brothers. Two fires in 1580 and 1659 destroyed the archives, which belonged to the city, its library and a large part of the original buildings, which were rebuilt in 1664. In 1620 the chapel of Nuestra Señora de la Soledad was attached to the church, where venerates this Marian invocation and has its headquarters in the homonymous Brotherhood.
San Francisco underwent important reforms and extensions until the 18th century. At its maximum extension, the vast convent complex, which came to include four large cloisters, reached the current Abilio Calderón square, the Principal Theater and the also Franciscan Monastery of Santa Clara, that is, it covered several blocks of houses towards the south and the west, on the polygon that today delimits Joaquín Costa street, Burgos street and Casado de Alisal avenue.
It also had, until its extinction, a sayal factory that supplied habits to the other convents of the Order. Its historical importance in the Late Middle Ages is attested by the times when it was the seat of the General Courts of Castile (in 1286 and 1313), and circumstantial residence of monarchs and ecclesiastical dignitaries who were passing through Palencia. In 1388 it was also the seat of a national council chaired by Cardinal Pedro Martínez de Luna, later Antipope Benedict XIII. Several characters of the Castilian nobility arranged to be buried here.
During the Spanish War of Independence it served as a barracks for the French troops and suffered major damage. After the confiscation laws of 1835-1836 and the secularization of the monks, the dependencies served for decades for all kinds of administrative and military uses, a situation that aggravated the deterioration of the old convent complex. In 1878 the Society of Jesus, returned to Palencia -where it had run a minor seminary and its own church, that of Nuestra Señora de la Calle- after its expulsion in the 18th century, received permission from the bishopric to administer the church, usufruct which acquired perpetual status in 1915. In the 20th century the main body of the convent, overlooking the Plazuela de la Sal, was demolished to build the Provincial Treasury Delegation. This disappearance reduced the surviving dependencies to the church and a cloister with two floors of arcades, Baroque from the 17th century, with Ionic order columns, whose restoration was completed in 2016. The Jesuits abandoned Palencia on June 16, 2018, leaving the church of San Francisco administered by the Palencia diocese from that moment on. The church of San Francisco is also the headquarters of the Penitential Brotherhood of Our Father Jesus Crucified and Our Sorrowful Mother, founded in 1949.
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