"Les fondations de l'église, celles que nous possédons encore aujourd'hui, du moins dans ses parties principales sont construites en 1048. Le XIIème siècle entre 1125 et 1135, voit s'élever l'église actuelle, au moins en partie. A la suite d'un pélerinage à Rome et à l'issue d'une audience du pape Grégoire, Wenemart, Seigneur de Lillers, décide de construire la collégiale de Lillers, en l'honneur de Saint Omer. (voeux expiatoires).
Elle est la seule église romane importante de la région. "Les latérales de la nef, travail grossier, à colonnes plates ioniennes, à voûtes en plein cintre, mais à arêtes, à arceaux, à caisson et à pointes de diamant, furent bâties en 1723.
La collégiale souffrit beaucoup des guerres qui ravagèrent Lillers, et notamment de celles du XVIème siècle qui l'amputèrent de ses chapelles rayonnantes.
Pendant la révolution, l'église subit de profonds dommages : sa nef devint une salle de danse. Le clocher s'écroula . Rendue au culte, on construisit le clocher actuel. L'édifice était dans un état lamentable. Heureusement son inscription au nombre des monuments historiques la sauva de la ruine.
Restaurée de 1885 à 1889, puis de 1908 à 1914, la nef s'écroula en 1919 en raison des bombardements de la première guerre mondiale. Une nouvelle campagne de restauration fut entreprise, elle se termina en 1934.
Le dimanche 10 octobre 1971, au cours de la messe dominicale, le porche de l'église s'est effondré sur le parvis, dans un énorme fracas. Malgré la bousculade et les cris des personnes provoqués par un début de panique, personne n'est sérieusement blessé. Le porche avait été condamné à cause de fissures récentes, les portes latérales avaient été ouvertes pour l'occasion."
Sources : L’Eglise