A l’arrivée des Hospitaliers il n’y avait ici qu’une petite chapelle, édifiée par les pêcheurs des marais et du Rhône, desservie par un moine.
Les Hospitaliers y firent construire une commanderie et créèrent la partie centrale (la nef qui est de style roman).
L’abbé Rose pensait qu'une chapelle existait déjà au Xe siècle. La nef principale, de style roman, serait due à Bertrand de Clansaye, évêque de Saint-Paul au XIIIe siècle.
Le clocher actuel aurait été édifié au XVe siècle par la Révérende Chambre Apostolique, dame seigneuresse de Lapalud, avec la participation financière de Julien de la Rovère, qui devait devenir le pape Jules II.