La iglesia ocupa la parte central del complejo monástico, teniendo su acceso a través del Patio de los Reyes. Tras ascender por una escalinata que abarca toda la fachada, se llega a un atrio flanqueado por dos torres. A continuación se sitúa lo que José de Sigüenza, cronista de la obra, denominaba «el templo pequeño», un espacio cuadrado bajo el coro que se utilizaba como iglesia para los fieles ajenos al monasterio. Desde aquí, a través de una zona que hace las veces de un segundo atrio interior, se penetra en el templo propiamente dicho, al fondo del cual se encuentra la capilla mayor que alberga el altar. Como elemento anejo existe una sacristía.
El templo es una basílica en sentido litúrgico, esto es, debido al privilegio papal que le permite ostentar dicho título; no obstante, no lo es en sentido arquitectónico, pues no posee planta basilical. Se trata de un cuadrado perfecto de 50 metros de lado con cuatro pilares dispuestos en posición central que dan lugar a la formación de tres naves en cualquiera de las direcciones. Esta planta centralizada respondía a la concepción que de la armonía universal existía desde el siglo xv y a su reflejo en los lugares sagrados. Sin embargo, la construcción del monasterio se inició en 1563, el mismo año en que finalizaba el Concilio de Trento en el que se había acordado que todas las iglesias tuvieran planta de cruz latina. Para solventar este desacuerdo la cubierta del templo se prolongó por el este cobijando la capilla mayor, y por el oeste techando el coro y el atrio; de esta forma se da la apariencia exterior de una gran nave. Del mismo modo, la nave central perpendicular a ese eje se realzó con un cubrimiento de igual altura que el de la anterior, formando el conjunto una perfecta cruz latina que, en realidad, no se corresponde con la planta del templo.
The church occupies the central part of the monastic complex, having its access through the Patio de los Reyes. After ascending a staircase that covers the entire façade, you reach an atrium flanked by two towers. Next is what José de Sigüenza, chronicler of the work, called "the small temple", a square space under the choir that was used as a church for the faithful from outside the monastery. From here, through an area that serves as a second interior atrium, one enters the temple itself, at the bottom of which is the main chapel that houses the altar. As an adjoining element there is a sacristy.
The temple is a basilica in the liturgical sense, that is, due to the papal privilege that allows it to hold said title; however, it is not in an architectural sense, since it does not have a basilica plan. It is a perfect square 50 meters on each side with four pillars arranged in a central position that give rise to the formation of three naves in any of the directions. This centralized plan responded to the conception of universal harmony that had existed since the fifteenth century and its reflection in the sacred places. However, the construction of the monastery began in 1563, the same year that the Council of Trent ended, in which it had been agreed that all churches had a Latin cross plan. To resolve this disagreement, the roof of the temple was extended to the east, sheltering the main chapel, and to the west, roofing the choir and atrium; in this way the external appearance of a large ship is given. In the same way, the central nave perpendicular to that axis was enhanced with a covering of the same height as that of the previous one, forming the whole a perfect Latin cross that, in reality, does not correspond to the plan of the temple.
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