Tvrz na nevysoké skalnaté terase nad potokem Blinka vznikla pravdepodobne již kolem roku 1265 za Predoty z Hradenína nebo nejpozdeji v letech 1289-95, kdy se vzpomíná Zbyslav z Hradenína a v roce 1295 spolu s ním i Bruno z Hradenína. Tato starší tvrz, asi drevená, stála nejspíše na jiném míste, a to v jihovýchodním koutu soucasné návsi (na míste domu cp. 58 a 62). Na pocátku 14. století tvrz zrejme zanikla, zprávy o ní totiž v dalším období chybí, nicméne Zbyslavovi potomci se v Hradeníne pripomínají ješte v roce 1325. Kolem roku 1380 získal Hradenín bohatý kutnohorský metan Mikuláš Písek (Pešek), který se v roce 1398 psal z Hradenína. A práve za neho byla postavena dnešní tvrz, chránená z jedné strany rybníkem, na zbylých stranách ve skále vylámaným príkopem plneným vodou z potoka Blinky a hradbou s obranným valem ukonceným palisádou, který obklopoval celý areál. Ze byl Mikuláš Písek (Pešek) skutecne stavitelem tvrze doložil dendrologický pruzkum dochovaných drevených clánku v nejvyšším podlaží veže (stromy na ne byly pokáceny kolem roku 1380).
V roce 1409 koupil Hradenín Reinhard z Mühlhausenu, významný šlechtic se styky na císarském dvore Karla IV., za nehož byla realizována velkolepá prestavba ve stylu vrcholné gotiky. Ješte více bylo zpevneno opevnení, príkop byl vyzden a také byl vylepšen systém v napájení príkopu vodou. Vstupní brána na západní strane byla opevnena polygonální baštou a upravena a modernizována byla i samotná obytná vež, o cemž svedcí nemnohé dochované gotické detaily (portály, ostení). Obytné prostory se nacházely v prvním a druhém patre veže, ve tretím patre byla velká obytná místnost prolomená k východu dvojicí hrotitých oken (ve starší literature se chybne uvádí, že okna vedou do bývalé kaple), vytápená kachlovými kamny. Po Reinhardove smrti se ovšem dcera Ofka z Hradenína v roce 1423 vzdala svých dedických nároku k Hradenínu ve prospech strýce Rynarta ze Sluštic, který se stal jediným majitelem tvrze. Rynart provádel velmi obratnou politiku ve prospech Jirího z Podebrad, která nakonec vyústila jeho volbou za ceského krále (1458), byt on sám se jí nedožil, nebot zemrel kolem roku 1450. To se pak hodilo jeho vdove Machne z Horek, která se o Hradenín soudila s královskou komorou po manželove smrti až do roku 1460, kdy ji byl na prímý zásah krále Jirího z Podebrad navrácen. V roce 1482 se na Hradeníne pripomíná její zet Mikuláš Dax z Hammerštejna, ale v roce 1488 po smrti Machny získává celý statek Bušek Kdulinc z Ostromíre jako dar od krále Vladislava Jagelonského. V roce 1499 se jako majitel Hradenína pripomíná Beneš ze Solopysk. Pocátkem 16. století se Hradenín dostal do vlastnictví rodiny Amchu z Borovnice, z nichž se v roce 1515 pripomíná Albrech Amcha a pozdeji Václav Amcha z Borovnice, hejtman kourimského kraje. Tento významný úredník potreboval prezentovat své duležité postavení a proto nechal tvrz rozšírit o renesancní palác, priléhající k bráne, a pres vodní príkop vybudoval kamenný most. Touto prestavbou získala již tak dost rozlehlá tvrz charakter hradu, proto je v dokumentech oznacována za "zámek".
V roce 1531 prodal Vávclav Amcha Hradenín Bohumilu Hornateckému z Dobrocovic, který ho v roce 1534 postoupil Anne z Tloskova a jejím bratrum Hynku a Ctiboru Necanským z Minic. Jejich rod zde sídlil až do roku 1600, kdy tvrz kupuje kutnohorský meštan Václav Šatný z Olivetu, který ho v roce 1606 postoupil náhradou za dluhy svému veriteli Václavu Zárubovi z Hustíran, majiteli nedalekého zámku v Radimi. V roce 1615 Hradenín kupuje Markéta Talmberková, rozená Trcková, která ho ale v roce 1623 prodává Anne Kedrute Dobranovské z Tehenic, jejíž syn Václav na Hradeníne sídlí až do roku 1652. Od nej tvrz koupili poslední majitelé, kterí na ní trvale pobývali - Katerina Magdalena Castolárová z Mejtolu s manželem Ladislavem Castolarem z Dlouhé Vsi. Za jejich vlastnictví byla v polygonální bašte u hradní brány zrízena kaple s barokní lunetovou klenbou a malbymi, které byly patrné ješte pri popisu tvrze v 50. letech 20. století. Po 11 letech ale Katerina (titulovaná jako paní na hrade Hradeníne) prodává tvrz v roce 1663 Janu Viktorinu z Valdštejna, který celý statek pripojil k panství Komorní Hrádek a tvrz byla nadále využívána pouze jako správní budova poplužního dvora.
Ten v roce 1720 koupilo od Františka Josefa z Valdštejna mesto Kutná Hora, které statek pripojilo ke svému panství Lošany. Tvrzi se za mestské správy dostalo sice pravidelné údržby, ale žádé zásadní opravy neprobíhaly. Pouze v polovine 18. století byla obytná vež, sloužící jako sýpka, pokryta barokní mansardovou strechou. Na pocátku 19. století nastalo období, behem kterého se vystrídalo nekolik majitelu tvrze, až ji v roce 1867 koupili od Jana Altera manželé Josef a Marie Mašínovi, kterí celý areál radikálne prestaveli v souvislosti s rozvojem jeho zemedelské funkce. Predevším nechali bohužel zborit renesancní palác se vstupní bránou a na míste zavezených príkopu byly postaveny nové sklady a vepríny. V roce 1870 byl na míste zboreného paláce dostaven obytný dum, na jehož stavbu byly použity nekteré prvky puvodního paláce. Strecha tohoto domu vrcholila dnes již zaniklou vížkou s hodinami.
V roce 1895 koupili usedlost s tvrzí manželé Alois a Božena Nekolovi a Božena Nekolová-Hanušová ji vlastnila až do roku 1948, kdy ji koupil poslední soukromý majitel, Václav Rande. Nicméne od roku 1950 cást hospodárských budov využívalo soucasne s ním i místní JZD. Dne 17. ledna 1955 poškodila strechu veže vichrice a do historických cástí tvrze zacalo zatékat. V roce 1960 byl Václav Rande nucen prevést svou cást statku s tvrzí státu. V polovine 70. let uderil do veže blesk, pricemž byla narušena její statika a shorela již tehdy poškozená mansardová strecha. Bez další vetší údržby tvrz chátrala do roku 1985, kdy byl tehdejším Strediskem státní památkové péce proveden stavebne-historický pruzkum, došlo k vycištení príkopu na západní strane a byla zahájena rekonstrukce veže, která byla rovnež provizorne zastrešena. Stavební cinnost byla ukoncena v roce 1993, kdy byl majetek v restituci vrácen potomkum posledního majitele, rodine Klvanových. Restituenti bohužel v žádných dalších opravách nepokracovali, takže tvrz bez patricné údržby znovu chátrala dalších 20 let. Od roku 2010 usilovalo Regionální muzeum v Kolíne pod vedením reditele Vladimíra Rišlinka o získání tvrze do majetku Stredoceského kraje, což bylo úspešne završeno 19. 3. 2012 schválením tohoto zámeru krajským zastupitelstvem a definitivním predáním klícu od památky do rukou reditele Regionálního muzea Kolín dne 20. 10. 2012. V prubehu roku 2013 byl celý areál zbaven náletových drevin a odpadku, v breznu 2014 byly demontovány a odklizeny zbytky nefunkcního provizorního zastrešení hlavní veže, a po rade konzultací s orgány památkové péce byla dokoncena príprava projektové dokumentace pro první etapu záchrany památky. V roce 2015 probehlo statické zajištení veže (zpevnení sten kovovými táhly) a její osazení kopií barokní strechy s rekonstrukcí puvodního mansardového krovu, zhotovené podle plánu a fotografické dokumentace, uložené v archivu Národního památkového ústavu (provedení zastrešení získalo 1. místo v souteži Cena cechu klempíru, pokrývacu a tesaru CR v kategorii Tesarské dílo za rok 2015). Na vrchol strechy byla osazena plechová korouhev, zhotovená podle dobových predloh, uložených ve sbírkách Muzea Kourimska v Kourimi. Soucasne se zhotovením strechy bylo provedeno statické zajištení veže, jejíž silne narušené zdivo muselo být na nekolika místech zpevneno kovovými táhly. V interiéru veže probehlo restaurátorské zajištení zachovalých historických omítek a maleb.
Z tvrze se dochovala predevším mírne lichobežníková hranolová vež o stranách 9,6×11,5 m vysoká dnes pres 24 m (puvodne snad ješte vyšší) vystavená z lomového kamene, zpevnená v nárožích pískovcovou bosáží (cástecne nahrazenou novými bloky z oprav v letech 1985–93). Uvnitr se dochovaly dve patra sklenutá valenou klenbou z doby pozdne gotické prestavby, ostatní patra byla clenená trámovými podlahami. Pri základním pruzkumu v roce 2015 byly v okenních výklencích 2. patra veže objeveny historické kresby rudkou (zrejme z 16. století), které jsou zajímavým dokladem o živote dávných obyvatel tvrze. Na západní a severní strane vež obtácí ve skále vylámaný a cástecne vyzdený príkop, pres který vede renesncní most a na severní a západní strane hradba s parkánem a s polygonální baštou. Vedle zborené brány stojí obytný dum z konce 19. století. Na jižní a východní strane se dochoval vodní príkop, kterým protéká potok Blinka.
Tvrz v Hradeníne predstavuje unikátní ukázku výstavného venkovského zemanského sídla a jedno z nejlépe dochovaných stredovekých sídel drobné šlechty v ceských zemích.